Evolução por seleção natural

Temendo tanto as críticas científicas quanto as religiosas, Darwin passou décadas desenvolvendo as suas teorias evolutivas quase sempre em segredo.Darwin era agora um eminente geólogo no meio científico formado por clérigos naturalistas, com uma renda segura e trabalhando secretamente em sua teoria. Ele estava convencido da ocorrência da evolução mas, desde muito tempo, sempre esteve consciente de que a idéia de transmutação de espécies era vista como uma blasfêmia, principalmente, ao fato de que suas descobertas contrariavam o que se acreditava na época: que espécies eram fixas, ou seja: todas as espécies que Deus criou no início do mundo são as espécies que existem, sem nenhuma a mais ou a menos.
Portanto, a publicação de suas ideias poderia significar a demolição de sua reputação e, consequentemente, a sua ruína. Assim, ele fazia experimentos minuciosos com plantas na tentativa de encontrar repostas convincentes para todos os contra-argumentos que ele conseguia antever.

Darwin tentou explicar sua teoria para amigos mais próximos, mas eles demoraram a mostrar interesse e pensavam que uma seleção exige um selecionador divino.

Darwin temia publicar a teoria de forma incompleta considerando o fato de que as suas ideias sobre evolução poderiam ser altamente controversas se, de fato, alguma atenção fosse dada a elas. Nesta época, ele conheceu o jovem naturalista, e livre pensador, Thomas Huxley que se tornaria um amigo próximo e grande aliado. O trabalho de Darwin sobre crustáceos (cracas) lhe valeu a medalha real da Royal Society em 1853, estabelecendo definitivamente a sua reputação como biólogo. Em 1854 ele voltou a sua atenção para a sua teoria de transmutação de espécies.