Casamento e filhos

Em 29 de janeiro de 1839, Darwin casou com sua prima Emma Wedgwood em Maer. Depois de primeiro morar em Gower Street, Londres, o casal mudou para Down House em Downe em 17 de setembro de 1842. Os Darwin tiveram dez filhos, três dos quais morreram prematuramente. Muitos deles e de seus netos alcançaram notabilidade.
Muitos dos seus filhos sofreram de doenças ou fraquezas e o temor de Darwin de que isto se devesse ao fato de que ele e Emma eram primos foi expresso em seus textos sobre os efeitos do acasalamento entre indivíduos de linhagens mais próximas (inbreeding).